在南京办理公积金贷款的具体流程如下：1、贷款申请。借款人将填好的公积金贷款申请表同证明材料一起提交给公积金贷款受托银行。2、贷款初审。公积金贷款受托银行进行贷款初审。3、签订合同。贷款初审通过后,受托银行与借款申请人签订合同。4、抵押登记、银行复审。借款人办理房屋抵押登记,受托银行对贷款进行复审。5、南京市公积金管理中心终审。管理中心会对受托银行复审通过的贷款资料进行终审。6、贷款发放。终审通过后,由管理中心通过受托银行将贷款资金以转账的方式直接划入售房单位账户。